Az általunk kezelt terület természeti értékekben rendkívül gazdag, erdeinknek 75 %-a áll különböző szintű természetvédelmi oltalom alatt. Az országos jelentőségű védett területek közül a legnagyobbak a Duna-Dráva Nemzeti Park kezelésünk alá eső része, a Kelet-Mecsek Tájvédelmi Körzet és a Nyugat-Mecsek Tájvédelmi Körzet. A Mecsekerdő Zrt. területén két erdőrezervátum is található.

Gazdálkodásunk során kiemelt figyelmet kapnak a védett értékek, mint például az Orfű-Abaligeti karsztfelszín, számos védett erdei növényfaj vagy az erdeinkben fészkelő fokozottan védett madárfajok.

A természeti értékek megóvását a Mecsekerdő Zrt. minden tevékenysége során szem előtt tartja.